第二天，林荫和方政委，带着三万元钱，陪着管局长来到省城。他们拿出一万元在一个高级饭店宴请财政厅的韩处长。这位处长才三十出头。官派却不小，林荫虽然恨得咬牙，却还要打起精神，又是劝酒又是恭维，还将两万元送了过去。处长当场同意给清水公安局拨款一百万元。林荫等人心中一阵高兴。酒足饭饱，事情谈妥，就要离开饭店时，处长提出他有一个朋友想在清水开个秘密赌场，就开一个月，把做生意赔的钱挣回来，请林荫他们给宽松政策就行。林荫明白了，那一百万不会白给，这就是条件。林荫坚决地摇了摇头，说别的事情都好说，这件事实在不行，处长立刻改了笑容，将那装着两万元钱的小包塞回了管局长手中，钻进了汽车开走了。一瞬间，一百万又没有了。管局长气极败坏，埋怨林荫不仅砸了公安局的事，还把他与处长的关系闹僵了。
财政厅那位处长的朋友要开来清水开赌城的想法，让林荫想起清水就有一个大赌场，那就是皇朝大酒店。林荫早就想打掉它，但是皇朝大酒店是受某些市领导如万书记保护的，要动它必须先向市里请示。林荫把想法向谷局长汇报。谷局长同意，并要林荫等待时机。
林荫避开牛明，悄悄部署秦志剑等人暗中侦察皇朝大酒店，确认里面就是赌城和淫窝。林荫制定了一个周密的行动计划代号“雷雨行动”，随时准备实施。
时机终于来了，万书记去外国考察，郑光军随同前往。谷局长立刻给林荫发来密传电报，内容是按照公安部和省厅要求，全区各市县公安机关要展开一次集中清查整顿的统一行动。接到电报后，林荫迅速向陈副市长请示，说明行动的设想。陈副市长全力支持。
当晚清水市公安局全部警力紧急集中在公安局会议室，每个人的手机、呼机交出许进不许出。方政委宣读地区公安局的密传电报，林荫作动员讲话。
为防止牛明泄密，林荫以协助指挥为由，要求牛明跟他在一起行动。二百多警察团团围住皇朝大酒楼，楼里的人们丝毫没有准备。当林荫带着大队人马突然出现在大堂里时，陶素素一脸的惊慌。正在淫乱的男女被逮个正着。赌场里的赌徒也是一个没跑。正在嫖妓的郑华军虽然挥刀反抗，却被高翔打翻在地。交通局长蒋实全正和两个小姐玩在兴头上，见警察破门而入，慌忙躲进衣柜……所有在楼里被抓的各种人都被带回公安局，连夜突审。
为减轻说情的压力，林荫召集方政委等局级领导，建议大家都离开公安局，不拿手机，找个地方先躲出来，局里的工作由刑警队和治安队全权处置，大家一致赞同。林荫遇见苗雨，苗雨非常兴奋，赞扬这次行动太痛快了，她要连夜把拍好的素材剪辑出来，尽快播出。两人走出大门，林荫却意外看见妻子秀云正在与拦住她的巡警争执，大吃一惊。
林荫忙将秀云接进院里，这时传出一阵吵嚷声，林荫只好将秀云安排在办公室休息，叮瞩她不要接电话，自己匆匆向吵嚷声的方向走去。原来是郑华军正装疯卖傻，又唱又叫。黄建强告诉林荫，这是郑华军的惯用伎俩，他曾经杀过人却因装疯逃脱制裁，这一次决不能放过他。
陶素素在审讯中对一切都装着不知情，说是别人瞒着她干的。还暗示她有人保护，林荫揭穿她的谎言，同时以诚恳的言词劝说她。
使命分集介绍 第12集雷雨行动无疑触动了许多人，何大来连夜打来电话斥责林荫，要他立刻放了陶素素和郑华军。林荫正在对付何大来，洪市长、陈副市长、和于海荣也找上门来。他们是来转达万书记的指示，说公安局的行动，吓跑了外商损害了经济建设。对皇朝大酒楼的违法行为，罚款就行，人必须放了。林荫不服，争辩，不同意放人。这时谷局长来了电话，也让林荫放人，林荫不相信。谷局长告诉林荫，他不希望林荫是个短命局长。林荫把郑华军的罪行说了，谷局长同意郑华军可以先不放，但陶素素要放。林荫心中一片茫然。秀云也劝他快放人，别把领导得罪了。林荫冲她发起火，秀云深感委屈……
黄建强、秦志剑等人来汇报处理情况，同时安慰林荫，说雷雨行动能进行到这一步，已经很不错了，对放人表示理解。林荫问他们陶素素究竟是什么人，秦、黄说出陶的一段身世……
人们离去，天已渐亮。秀云还在为刚才林荫对他发火而伤心落泪，林荫只得耐心劝慰，才让秀云破涕为笑。
“雷雨行动”在社会上产生了很大的反响，黄建强接到匿名电话，那人说自己是刘正案的目击者，说砍人的歹徒中就有郑光军兄弟的手下贺刚和刀疤，可以肯定背后指使者就是郑光军兄弟，只要这次公安局惩处郑华军，他就敢出来作证。林荫决定尽快将郑华军押往南方重新做精神病鉴定。
秀云要返回白山家中，郝正擅自派车将她送回，违反了公车不得私用的规定。而这规定恰恰是林荫来后制定的。郝正又给秀云留下两千元钱。林荫得知郝正的举动后，十分恼火，把郝正找来，批评了他并将钱还给他。郝正很尴尬，认为林荫是不识抬举，是嫌钱少，开始怨恨林荫。
郑光军对万书记说林荫清查皇朝大酒楼是和他对着干，挑唆万书记尽快将林荫整下去，放出郑华军。万书记却显得为难，责怪郑华军是咎由自取……
雷雨行动后，牛明躲进医院。郑光军来看他，劝他不能躺倒不干，还应回局里替他们发挥作用。牛明一出院，便向罗厚平了解对郑华军的处理动向……
罗厚平和两个刑警押着郑华军来到一个小火车站，准备登车南下，突然出现七八个暴徒，劫持郑华军逃跑。
林荫命秦志剑和罗厚平迅速展开追捕，但进展不大。方政委建议调整追捕方案，同时提醒林荫万书记对清查皇朝大酒店是极为不满的，从今后工作着想，最后主动向万书记汇报，争取共识。但出乎意料，万书记似乎对他们的汇报不感兴趣，以没有时间为由冷淡地拒绝了，这令林、方觉得他是另有所图……使命分集介绍 第1集
白山地委常委会连夜举行，讨论全地区各市县政法机关干部调整。会上，与会人员对清水市新任公安局长的人选展开了激烈争论……会后，地委政法委书记何大来依然对会议的决定耿耿于怀，深为不满，向地区公安局局长谷志远提出了质疑……
与此同时，在清水市，以贺刚和刀疤为首的一伙歹徒冲进一家饭店，疯狂打砸，逼迫店员说出店老板石儒的行踪……
有人向清水市光华集团公司总经理郑光军通报了地委会的决定。郑光军惊讶地得知新任市公安局长并不是自己原先认定的人选，而是一个从未听说过的叫林荫的人。他立刻吩咐贺刚在林荫到来之前除掉石儒……
新任清水市公安局长林荫在谷局长的陪同下，赶往清水赴任，谷提醒林荫要做好迎接困难的准备。公路上一片混乱，车都被堵住了。林荫下车察看，只见刀疤、贺刚等四个壮汉正在围殴司机杨家父子。林荫冲进人群，阻止行凶的歹徒。一番搏斗之后，林荫和谷局长抓住刀疤和两个歹徒，贺刚却驾车逃跑。老杨却央求林荫放了那三人，林荫疑惑不解……
一辆红色吉普车来到林荫眼前，车上下来的是清水市公安局分管刑侦的副局长牛明。牛明说他是来迎接林荫的。林荫让他布置警力尽快堵截逃跑的那人。牛明将三壮汉斥骂一通，然后对林荫说，他们都是交通局的收费员，行为过火，给伤者多赔些钱就可以了。林荫认定这是恶劣案件，亲自部署追捕，牛明只得表示服从。
一位年轻漂亮的女子拿着相机在现场拍照，引起林荫注意，她说自己是《清水报》的记者，叫苗雨，今后会来采访他。
公安局方政委出城迎接林荫，言谈中，林荫得知牛明并不是去迎接自己，林荫心中纳闷他为什么要撒谎。牛明主动要求由他和刑警队长罗厚平处理公路打人案。在方政委举行的欢迎宴会上，林荫认识了豪爽的陈副市长，阴沉的政法委副书记于海荣、谦恭的局办公室副主任郝正。林荫隐约感到清水市领导层之间复杂的关系。
牛明赶到光华集团，斥责贺刚等人制造事端。郑光军好言劝慰，让他设法放贺刚离开清水，以躲避林荫的追查……
使命分集介绍 第2集牛明赶到宴会上硬逼着从不喝酒的林荫喝下了一口酒。酒酣耳热之际，几位领导人物都表示支持林荫的工作，但林荫还是听出了一些弦外之音。
在送谷局长回白山的路上，谷局长告诉林荫，牛明和于海荣曾经激烈竞争这个局长职务。林荫体会到谷局长亲送他来上任的用意，意识到自己肩负的使命的沉重……
林荫回到公安局，来到了刑警队，但眼前的景象令他大吃一惊：刀疤正乐呵呵地大吃大喝，还与一个人说笑着。那人竟要动手打林荫……牛明和罗厚平赶来，对那人一通训斥。林荫才知那人叫赵铁军，竟然是刑警大队的侦察员，正在办理这个行凶案。林荫要牛、罗做出解释……
郝正带林荫察看办公室，并且告诉林荫行凶的那些人与郑光军、赵铁军以及牛明的微妙关系。林荫将信将疑。
牛明来向林荫报告，说行凶案缺乏证据，受害人也没有指控，只能赔钱私了。林荫问他郑光军子是什么人，牛明繁衍搪塞。林荫坚持一查到底，罗厚平却来汇报，说自己的顶不住说情的压力，建议将案子移交治安大队办理。
林荫找来分管治安的副局长靳树林，要他接办此案，黎不情愿地接受了。牛明却不愿意交出案件，可是林荫提出的理由令他无话可说，只好同意……
郑光军赶到了白山市，面见何大来，陈说利害，要求何出面让林荫释放刀疤等人。
郝正来到自己投资的饭馆，经理向他抱怨说没有客人，郝正却说自有办法，打算把林荫的伙食安排在饭馆里，将来不愁没有客人。可是郝正的如意算盘落空了，林荫表示自己就在局里的110值班食堂吃。林荫提出要看工作总结等文件，郝正说这是另一个办公室副主任秦志剑的事。
秦志剑将文件送来，态度不卑不亢，令林荫产生好感。郝正却在秦志剑走后告诉林荫，秦志剑原来是刑警大队副大队长，是前任局长老曾将他调任办公室副主任的，还许愿提升主任，现在老曾走了，他肯定有情绪，要林荫提防他……
几个不明身份的人闯入医院威胁治伤的杨家父子不要对公安局乱说什么，逼他俩赶紧离开医院……
使命分集介绍 第3集郝正碰了一鼻子灰，仍不死心，告诉王经理林荫在食堂吃不了多久，肯定会到饭馆来吃……
靳树林向林荫报告杨家父子被威胁的情况，林荫立刻赶到杨家看望他们，并鼓励他们站出来指控歹徒。老杨还是怕被报复，说去医院威胁他们的人，也是和刀疤一伙的。林荫拍案而起，斩钉截铁地表示，谁敢报复，决饶不了他们!林荫的激情和真情感染了老杨父子，终于答应指控歹徒。
林荫打电话给苗雨，希望她能作为证人。苗雨爽快地答应了，并说自己还有物证，当时她将歹徒行凶的情景拍了下来。
苗雨正在整理照片，就有人打电话要收买她的照片，被她严词拒绝。在苗雨骑车赶往公安局途中，竟遭歹徒袭击，要抢她的包。幸亏秦志剑及时赶到，将她救出。照片交到了林荫手中，但是林荫的心中却布满阴云。他问靳树林照片的事只有自己和靳树林知道，怎么这么快就传出去。靳树林大为惊讶，他说他跟牛明说过这事……
刀疤等歹徒被处以行政拘留的处罚，关进了拘留所。
方政委告诉林荫，最好把电话拔了，为那三个歹徒说情的人马上就要行动了。林荫说我等着他们。果然市交通局长蒋实全和于海荣先后打来电话，以不能机械执法为由要求林荫放人，林荫一一回绝，令对方十分不快。
何大来也给林荫打电话，要他赶快放任。林荫拒绝了，何大来大骂，说自己对林荫的任命没少说好话，指责林荫忘恩负义。陈副市长的电话则对林荫表示支持，这让林荫略感欣慰。
林荫在阅读去年的总结材料时，发现一些数据是虚假的，他向内勤民警王晓珊核对，记表。让他感到意外的是，秦志剑也向王晓珊要真实的数字。秦志剑说要这些数字，是准备让他知道真实的情况。王晓珊说出实情，是前任局长老曾命令她造假数字，而秦志剑为此提出意见，却被曾局长调离刑警大队。林荫告诉秦志剑今后刑事报表必须实事求是。王晓珊感到欣慰，秦志剑却怀疑林荫能否坚持下去。
前任局长老曾也给林荫打电话，要求放那三个歹徒。林荫毫不客气地拒绝了。最令林荫意外的是，妻子秀云所在工厂的书记竟然也托秀云打电话来替那三个歹徒说情。林荫禁不住朝秀云发起火来，秀云倍感委屈。
第一次较量的结果，让郑光军心有不甘，一时又拿不准林荫到底什么意图，招来牛明商量对策。牛明提醒他，林荫可不是老曾，眼下还是小心为好。郑华军不服，扬言要报复。郑光军阻止了他，提出先来软的一手，笼络住林荫。
使命分集介绍 第4集市委大楼发生盗窃杀人案，却没有人首先向林荫报告，而是秦志剑到现场后，才向林荫打电话报告。林荫赶到现场，刑警大队长罗厚平简要汇报案情，却不见牛明。罗厚平说和他联系不上。林荫告诉罗厚平，今后凡是发生特大案件，必须在第一时间报告他。牛明姗姗来迟，却指责罗厚平不向他报告，还撒谎掩饰自己的行踪，林荫揭穿了他的谎言。
市委万书记匆匆赶来，他的办公室也被盗，他不顾刑警保护现场的请求，十分紧张地闯进办公室。
万书记指责公安局无能。于海荣旁敲侧击，火上烧油。万书记故意冷落林荫，问牛明如何破案。牛明无能地表示不能保证何时破案。林荫表示一个月内破案，如果不破，将承担一切责任。
回到局里，林荫召集案情分析会，果断而周密地部署了破案步骤，明确了破案方向，令在座的人对他的业务水平十分佩服。林荫查阅了积案登记表，发现原有几个未破案件的案情与此案相似。林荫和秦志剑等人再次勘查现场，确认了作案手法与前几起案件一致。林荫决定并侦察。
时间一天天过去，随着对各种线索的深入分析，罪犯的形象更加清晰，秦志剑提出可通过电视台，公布案情和罪犯形象，动员群众提供线索。可电视台刚播了一天，万书记就发了火，说是影响清水形象，只得停播。刑警们只好沿用常规手段开展工作。
侦查工作进缓慢，郑光军、牛明等人却暗自高兴，等着看林荫倒台。郑提出此时是拉拢林荫的好时机……
秦志剑提出了新的破案思路，经过分析，推断罪犯是流窜作案，将犯罪嫌疑人的目标锁定在清水邻县宝山县。
秦志剑等人在宝山刑警的帮助下，很快找到了一个符合罪犯特征的人，叫沈勇，带回到宝山公安局刑警队审讯室。
审讯中，沈勇一口咬定案发那天他在家呆着。秦志剑想起去年自己还在刑警大队时，曾在一个被盗现场提取的一块玻璃碴上发现过指纹，于是，将沈勇的指纹提取下来，用传真发回清水局技术科比对。
使命分集介绍 第5集一个小时后，技术科打来电话说比对的结果是纹形不合。林荫等人深感失望，只好将沈勇放了。
秦志剑不甘心，赶回清水，重新检验。秦志剑发现那块有指纹的玻璃碴已不是当年自己提取的那块，上面的指纹也是新的。询问保管物证的技术科内勤蓝玉芹，她一口咬定就是这块，还翻了脸，骂秦志剑多管闲事。秦志剑赶紧打电话让林荫在宝山迅速将沈勇家监视起来。
在宝山汽车站，企图外逃的沈勇被年轻的刑警高翔拦住，一番激斗，终将沈勇制服。
面对从家中搜出的攀楼作案的工具，任凭牛明怒吼，沈勇依然闭目不语。秦志剑拿出从沈勇过去在部队中的立功证书，从情感上打动了沈勇，突破了他的心理防线。沈勇声泪俱下，说出了自己如何走投无路，为了生存所以走上犯罪道路的经历。这时方政委从清水打来电话，说何大来到了清水，要见林荫。林荫只得返回，牛明自告奋勇留下继续审问沈勇。
林荫驱车赶回清水，方政委已在皇朝大酒店门口等他。酒店女总经理陶素素将他们迎进。何大来见了林荫，说林荫架子大。林荫赶紧说好话，假装热情与他应酬。待林荫、方政委坐定，何大来说这顿饭是郑光军请的。
酒桌上郑光军兄弟频频向林荫敬酒、劝酒，说是要与林荫交个朋友，还暗示他在市人大常委会有朋友，可以帮林荫在人大通过任命时拉票。林荫心中蹿起火来，却又碍于何大来在场，只得忍住。
沈勇押回清水，林荫赶紧借此离开大酒店。林荫问方政委何大来到底来干什么，一句正经事也没说。方政委指出何的目的就是要林荫结识郑家兄弟，这就是正事。林荫又问陶素素是什么人，方政委说她是清水的美人、交际花。
林荫回到公安局，问秦志剑审讯沈勇的情况，秦志剑态度冷淡，让林荫去问牛明。牛明得意地告诉林荫，沈勇全交代了，来市近三年的撬盗办公室案件全部告破。
万书记与陶素素幽会时，得知市委盗窃案已破，他不仅不感到高兴，而且还显出紧张的神色。
使命分集介绍 第6集牛明来见郑光军，问他与林荫接触的情况。郑说林荫不识抬举，不过有一个办法可以治他一下……
林荫和方政委连夜审阅沈勇案卷宗，觉得整个案情比较清楚，人证物证都具备，感到一阵轻松，想到这个案子能破，秦志剑发挥了关键作用，打算将他调回刑警大队，方政委也同意。电话突然响起，是靳树林打来的，说接到举报，有人在皇朝大酒店卖淫嫖娼，可那大酒店是市委保护的企业，抓不抓?林荫指示立即采取行动。
靳树林率人来到酒店，抓住的人却是何大来。何不仅不怕，还大发雷霆，指名要见林荫和方政委。方政委赶到大酒店，何大来说他是和一个女的在一起，可他没有花钱，怎么能是嫖娼?林荫他们是成心败坏他的名誉。方政委只得一通赔礼道歉，何大来才罢休。林荫又气又无奈，他与方政委分析，此事有名堂：一是举报的信息非常的准确;二是从来都难以进入检查的大酒店，这次却很顺利地开了门。究竟谁在捣鬼，一时还看不出来。
第二天郝正就来跟林荫告状，说秦志剑到处吹牛，说破案全靠他。苗雨闻讯赶来采访，劈头便问林荫，如果案件不破，他会不会真的承担责任，林荫回答肯定会兑现诺言，还表示要坚决打击清水的黑社会势力，苗雨很有深意地看着林荫。
局党委会上，在进行破案总结时，林荫坚持要为秦志剑、高翔报功。也就在这时，他才知道高翔连正式民警都不是，警校毕业后，一直在刑警队义务帮忙，林荫决定要帮助他。纪委书记老靳提出赵铁军嫖娼，蓝玉芹丢失物证，都应得到处理，牛明等人反对，因为这两人进入公安局都有背景。赵铁军是郑光军的表弟，而蓝玉芹是万书记的干妹妹。最后方政委表示先暂时搁置起来，专门开会讨论，策略地解决这个问题。
要处理赵铁军的消息，很快转到赵铁军耳中，他找到林荫又是下跪痛哭，又是送钱，哀求林荫将他留在公安局，遭到林荫痛斥。赵铁军气急败坏地离去，摔了怀中暗藏的录音机，打电话告诉郑光军林荫不吃这一口，没有上受贿的勾。
秦志剑对林荫与何大来、郑光军等人的交往产生了误解，向林荫提出辞职，林荫大感诧异，坚持挽留。林荫的真诚感动秦志剑，两人彻夜长谈。秦志剑提醒林荫，郝正是一个小人，并将自己对郑光军一伙人的调查情况全盘托出，林荫再一次感到清水黑势力的猖獗。秦志剑提到了一个人，原刑警三中队的队长黄建强因调查税务干部被砍伤一案，遭到郑光军一伙的陷害，被捕入狱已经半年。要不是为了黄建强，秦志剑自己早已到深圳赚钱去了。
黄建强在狱中受到同监罪犯的凌辱，奋起反抗，双方打成一团，狱警赶来劝阻，训斥黄建强。黄建强申辩说那两个犯人是在报复他……
使命分集介绍 第7集林荫被人大正式任命为局长，林荫提出了一系列改进工作的措施，全局干警大受鼓舞。蓝玉芹预感到林荫迟早要处理自己，求牛明帮她想办法。林荫决定抓住时机，迅速调整局内人员，他提出将秦志剑调回刑警大队任教导员，牛明虽然极为反对，却又拿不出合理的理由，只得同意。党委同时决定清退赵铁军，蓝玉芹调出刑警队，安排到巡警队。牛明把党委会的决定透露给蓝玉芹和罗厚平，挑唆他们去跟林荫闹。罗厚平向林荫提出自己的能力不适合当刑警队长，还是让秦志剑来干。这让林荫很疑惑。方政委指出这一定是牛明的主意，是给林荫出难题。
林荫正式向秦志剑宣布调他回刑警大队，希望他尽快打开刑侦工作的局面，秦表示一定要把工作做好。蓝玉芹却跑来质问林荫。林荫态度坚决地警告她，如果不服从，公安局就没有她呆的地方，既然是万书记的妹妹，就更应该注意影响。蓝玉芹理屈，悻悻离去。为取得市委对工作的支持，林荫和方政委主动走向万书记汇报工作，却遇见郑光军从万书记的办公室里走出来。对于公安局的人事调动，万书记坚持暂时不要清退赵铁军，林荫只得接受。
郑光军召集手下人密谋从清水经济中进一步盘剥逼利，商议对付林荫的办法。黄建强的妻子带着孩子来求林荫复查黄建强案，林荫又找刑警们了解情况，大家都说这是一个冤案。
使命分集介绍 第8集方政委也持同样态度，林荫决定说服检察院复查此案。 林荫拜访苏检察长，力陈己见，晓以利害。苏检察长表示只要有一个比自己官位大的人说话，他马上组织复查。 林荫决定先去看守所探望黄建强，方政委说这是黄建强被关进去后，第一次有人探望。
看守所里，黄建强虚弱的身体和期待目光，让林荫心中阵阵酸楚。黄建强认为，他的案子是有人事先事预谋的，当时他正准备与刘正案的一个证人石儒见面，在路途中有人故意引诱他开枪，造成伤人后果。当时是有旁观证人的，但是现在证人都不敢出来作证。那个石儒从此下落不明……
从看守所长口中，林荫还了解到，为了黄建强的案件，郑光军还和检察院的办案人员来看守所。林荫更加相信这是一个冤案，是一个阴谋。
得知林荫去看望黄建强，秦志剑深为感动，向林荫表示感谢。林荫要他尽快帮黄建强聘请律师，并为律师的取证提供帮助。林荫思来想来想去，还是向陈副市长汇报了黄建强的案情，陈副市长同意复查，并立刻给苏检察长打电话。苏检察长告诉林荫，他们可以重新审理黄建强案，但要林荫设法提供证据。田律师被律师事务所推荐来办黄建强案，在和林荫的谈话中，他表示只要能找到有力的证据，这案子能翻过来。
田律师说到做到，立即就到检察院阅卷，开始调查工作。他却不知道，已有人在暗中盯住了他。根据黄建强提供的事发时听到附近有女人惊呼的线索。田律师到现场查看，当晚果真找到了目睹事件全过程的女高中生李丽。李丽先是承认，忽然又像想起什么似的，不说了，匆匆离去，田律师没有追上。在回家路上，田律师遇到两个歹徒殴打，歹徒威胁他不许再管这事。田律师害怕了，打电话告诉林荫，他不想办这个案子。林荫大惊，急问原因，田律师支吾不说。林荫火速派秦志剑将律师接到局里。田律师这才说出事情经过。秦志剑一听便知是郑光军的手下干的。林荫鼓励田律师，不要害怕，保证会全力保护他和全家的安全。并以请水公安民警的名义请求他坚持下去。田律师无法再推托，答应继续调查。
田律师又找到李丽，但李丽什么也不说。在秦志剑苦口婆心，诚心央求之下，李丽有所松劲，说要回去和父母商量后再谈。约好当晚7点在李丽家见面。这一切都被一直在监视他们的刀疤等几个歹徒看在眼里。
在得到“刀疤”的密报后，郑光军兄弟密谋派打手直闯李丽家，逼迫他们闭嘴。当晚，田律师、秦志剑和高翔如约来到李丽家，恰遇刀疤带着一伙歹徒穷凶极恶地威胁李丽一家人，高翔施展身手，将他们制服，当场抓住两人，刀疤和另两人逃跑。歹徒的无耻行径激怒了李丽的父母亲，他们鼓励李丽将那天晚上看到的都讲出来。原来，事发那晚，黄建强是在歹徒抢枪的情况下才开了枪。黄建强恢复了自由和名誉，回到公安局任刑警中队长。他提出要查处陷害他的人。
使命分集介绍 第9集林荫与苗雨联系，想让她来报道黄建强的事，挽回影响。苗雨话语犹豫，似乎有什么话难以启齿。林荫心中不安，约苗雨面谈。二人见面，苗雨告诉林荫，她已向台领导提出报道黄建强冤案，可领导不同意，认为这事有损清水形象。
刘正来到公安局，向林荫诉说当初他收税被人砍伤，公安局却迟迟不抓凶手，黄建强为查这个案子还被关进去，自己心都凉了。林荫向他保证一定要查清，给他一个说法。
于海荣传达万书记的意见，不要再追查陷害黄建强的人，查下去会丢清水的脸。林荫无奈，只得决定集中力量突破刘正被伤害案。就在这时，发现了石儒的尸体。林荫等人分析，这肯定是杀人灭口，给侦破刘正案制造障碍。林荫决定结合地区公安局部署的人口整顿工作，重新发现线索。
郑光军等人加紧聚敛不义之财，他催问大桥镇的党羽“偏头”金亮，尽快将大桥镇大酒楼的工程结束，早完工，早赢利。这酒楼可叫娱乐中心，“偏头”就是总经理。
大桥镇酒楼里，湖北民工皮佐林正领着一班民工加班加点，忙着粉刷装潢。“偏头”四下察看。皮佐林说明天就可以完工，什么时候结工钱。“偏头”说抓紧干活，工钱少不了的。
第二天，工程结束，皮佐林等人眼巴巴地等着“偏头”发工钱。“偏头”装模作样地看了一圈，找出一堆毛病，说质量不行，不仅不给工钱，还大骂皮佐林，反要皮佐林赔偿损失。皮佐林质问“偏头”哪里质量不行，话音未落，冲进来一群地痞，将皮佐林毒打一顿，皮佐林反抗了几下，还被一个歹徒在头上砍了一刀。
皮佐林等人伤心绝望，连夜搭车离开大桥镇，来到火车站，准备回老家。正在这时，来了几个巡逻的警察，见他们浑身是血，便要察看他们的身份证。皮佐林说身份证被大桥镇的“偏头”扣住了没还。警察将信将疑，将他们带到城郊派出所准备进一步审查。
林荫来城郊派出所检查人口整顿工作，看见皮佐林一群人头破血流，便问怎么回事。皮佐林不敢说，在林荫再三催问下，才说出原委，流下屈辱的泪水，说再也不到清水这个地方了。林荫听罢，既愤怒又难受，林荫嘱咐赵所长给皮佐林等人做好详细笔录，安排吃住和治伤，再设法给他们找点活干，挣够路费回家，皮佐林拉着妻子跪在林荫面前。
林荫回到局里，把这事跟秦志剑说了。秦志剑告诉林荫，这个“偏头”也是郑光军的手下。林荫下定决心要治治这个“偏头”。
第二天，林荫带着秦志剑、高翔正要出发去大桥镇。没想到何大来也赶到清水，要林荫同他一起去大桥镇，说是去搞调研。到了镇上，林荫恍然大悟，原来今天是大桥镇娱乐中心的开业大典。郑光军也来了。何大
来把林荫叫来就是要参加这个典礼，为“偏头”壮门面的。林荫心里暗骂何大来，表面上却要硬着头皮应酬。“偏头”一个劲儿地与林荫套近乎。趁着酒宴开张的混乱，林荫、秦志剑和高翔悄悄离开酒楼赶到大桥派出所。
一个病病歪歪嘴里嚼着东西的叫严德才的户籍警接待了林荫等人。林荫对他的印象并不好。但接下来发生的事，则让林荫对他另眼相看，并产生了深深的敬意。严德才向林荫列举了“偏头”一系列的罪行，并拿出他详细笔录的受害人陈述给林荫看。这令林荫十分振奋。姜所长赶回来，向林荫汇报“偏头”的其他情况和派出所的经济困难。就在这时，严德才突然犯病，在床上痛苦地挣扎。姜所长的赶紧拿一种叫“龙爪”的植物让严德才嚼。姜所长告诉林荫，严德才的胃里长了肿瘤，却没有钱医治，就靠嚼“龙爪”坚持工作。林荫的心酸楚起来。
林荫下令让严德才回家休息。刚送走严德才，“偏头”就送上门来，他来找林荫回娱乐中心喝酒。林荫当即宣布传唤“偏头”，“偏头”拼命挣扎却被秦志剑和高翔制服。
何大来、郑光军等人得知“偏头”被抓，气急败坏，一路追到市公安局，却不见“偏头踪影”。
使命分集介绍 第10集原来林荫早有准备，将“偏头”带到了白山区分局，异地审查。半个月后案件审结，移送检察院。何大来没有再找林荫，林荫意识到，这意味着何大来与自己关系完全破裂，不可调和。
林荫到严德才家看望他，林荫了解到严德才的病已经非常严重，之所以拖着不治，一是没钱，二是严德才担心会不会因为自己多病被精简。林荫对严德才说：“精简谁也不能精简你!”
严德才的医药费，公费医疗无法解决，林荫和方政委为此四处奔走，他们向洪市长求助。洪市长出面与市财政局协商，又从自己身上拿出几百元钱交给了他们。受洪市长行为的启发，林荫给全局干警写了一封公开信，呼吁大家帮助严德才。全局干警深为感动，纷纷捐款。消息传出，全地区公安系统也都寄来捐款。
严德才终于住进医院，上了手术台，挽救了生命。这件事产生了很大的社会反响。省里一家报社记者赶来采访。于海荣却来阻止，他告诉林荫和方政委，万书记认为这事有损清水形象，不宜宣传。林荫心里一片冰凉。但于海荣又拿出一些钱，说是万书记和他自己捐给严德才的。林荫和方政委半天想不明白，万书记究竟是什么意思。
解决了严德才的问题，林荫又为全局的工作经费发愁，换装经费和下半年工作经费均无下落，而市委又召开大会，要求全市机关单位为万书记主持的世纪工程——修建公园捐款。公安局摊派到四万五千元，必须半月内交清，否则从单位职工工资中扣缴，真是火上浇油，大家骂声一片。
郑光军出了风头，捐了一百万，但他的手下的一个建筑公司得到了修建公园的工程。这一百万元等于捐给了郑光军自己。林荫将公安局门前的两尊石狮子捐给世纪工程顶了捐款，可是工作经费依然没有下落。林荫一筹莫展，想到了卖自己的车，遭到大家的反对，卖车的钱只够用三个月，以后怎么办?就在这时，郑光军赶来，要捐款一百万给公安局。林荫客气又坚定地拒绝了。郑光军感到一种从未有过的恐惧，意识到林荫是不会与他妥协了。
郝正突然找到林荫说市财政局管局长能帮公安局从省财政厅要来钱。林荫、方政委赶到财政局，曾局长一口承诺能要来钱，但有一个条件，就是要将女儿安排在公安局。
局党委会上大家一致同意管局长的条件。纪委靳书记也说，虽然他自己的独生子至今工作无着，但为了清水公安工作就妥协吧。
管局长提出还得给省财政厅的人好处费，至少两万。方政委说，这得党委会定。党委会上老靳提出这么做可是法人行贿，是违纪的，却被一片反对声淹没。牛明说，不违纪可以，下半年就关门。林荫心里也不愿这么做，可想到今后的工作，只能拍板同意，但心中却感到可悲……
使命分集介绍 第13集地区公安局召开工作会议，会上谷局长表扬了清水公安工作的改进，何大来则批评清水法案上升。谷局长指出发案上升的原因是林荫将前任隐瞒的案件重新立案，值得肯定，令何大来十分尴尬。谷局长布署下阶段工作重点，一是继续打黑，二是搞好各局的人事制度改革。会后，谷局长让林荫回家看看。
林荫回到久别的家中，意外地看到侄子大明。交谈中，林荫得知大明是想通过他进公安局工作，秀云也替大明说话。林荫深感为难，他歉疚地告诉大明，这个事他做不到，局里马上就要开始改革人事制度了，自己要做出表率。大明不服气。父亲却支持林荫，要大明理解他。
赵铁军被停职后，跑到铁锋镇个体铁矿老板范大成手下当护矿队队长，这天，三位辽宁刑警来到铁峰镇，追缴一辆赃车。这辆赃车正是范大成的座车，范大成不仅不交出赃车，还召来赵铁军等护矿队员，将辽宁刑警和当地民警打伤。
林荫赶到铁峰镇查处此事，深入追查之下，才知此事还牵涉到交警大队的一个副股长，是他给赃车入的户。林荫不禁质问道：像赵铁军这样的人全局还有多少?靳树林说这是普遍问题，必须采取治本措施。林荫意识到治本措施就是进行人事制度改革。实行聘任聘用制度，竞争上岗，优胜劣汰，要尽快着手制定改革方案。
为减少阻力，局党委会前，林荫先了解各方态度。方政委并没有林荫预想的那么积极，只是说可以搞但可能效果不佳，因为两年前就搞过聘任制。林荫表示上次没达到目的，这次要动真格的，上级还要求先行一步。方政委淡淡一笑，表示这个头可不好带，再怎么改，党管干部的原则不能丢。林荫对方政委的态度感到不解。林荫又征求秦志剑等科所室领导和民警们的意见，他们的反应却比较积极，秦志剑还谈了上次改革失败的问题，认为群众意见群众投票一定要算数，否则这次改革又是空忙一场。但也有人忧心忡忡，怕搞竞聘上岗，自己会落选，比如郝正，到处探听情况，揣摩别人的态度。
在讨论改革方案时，牛明以党管干部为理由，反对以群众投票为聘任依据。靳树林也附和，说投票只能参考，最终还得党委说了算。方政委则模棱两可，老靳却支持林荫。林荫找方政委交谈，方政委依然顾虑重重。
牛明因在党委会上靳树林赞同他的意见，高兴地拉靳树林喝酒。牛明酒后吐真言，要靳树林和他抱成团，与林荫对着干，只要不对他们的心思，就让他滚蛋。靳树林反倒被这话吓醒了，他想自己的想法跟牛明可不一样，不能跟着他跑，应该主动找林荫谈。靳树林对林荫谈出自己的担心：如果完全以民警投票为准，那么就有可能将平时没本事工作能力差，却擅长搞关系的人选上来，这反而对工作不利。林荫听后觉得有理，两人又一起商量出一个合理的民主测评的方法。林荫又从靳树林口中得知，方政委除了工作上的顾虑外，也怕儿子方文下岗。林荫豁然开朗，自责自己没能设身处地为方政委考虑，但改革又是势在必行，他迫切要与方政委再谈一次。
牛明又拉方政委喝茶，先夸方政委的消极态度是对的，接着便挑拨说林荫的做法，就是不把党委和他这个政委放在眼里，表示自己今后一切听方政委的，与林荫对着干。听了这话，方政委突然觉得自己会被牛明等人当枪使。他立刻打电话约林荫面谈。方政委坦诚告诉林荫，自己确实有私心，但还是共产党员，还没有堕落，完全支持林荫。
改革方案在公安局开始实施，竞聘中层领导岗位的人，积极准备，气氛十分热烈。却有少数人惶惶不安，郝正对办公室主任的位子垂涎已久，到处试探人们的看法……
使命分集介绍 第14集郝正想竞聘办公室主任，但又怕竞聘失败。他来找林荫，请求林荫替他说话。林荫告诉他，自己不会为任何人说话，想竞聘某个职位，一定要有广大民警的支持。
罗厚平认为自己不适合在刑警队工作，想竞聘办公室主任，征求林荫的意见，林荫虽然内心认同，但还是说了与回答郝正时一样的话。秦志剑决定竟聘刑警大队长，显得十分自信。
竞聘并没有出现某些人所想象的混乱局面，一切按方案计划进行。经过竞聘，秦志剑和罗厚平都实现了自己的愿望。改革结束，大获成功。全局上下出现了前所未有的活力。可是，有少数落聘人或竞聘失败的人不高兴，这其中就有郝正。他虽然没聘上办公室主任，但保留了副主任职务。可他还认为是林荫的改革使他失去了正主任级职位，他要报复。就在这时，牛明邀他喝酒，郝正爽快地答应了。酒桌上，两人一起发泄对林荫的不满，昔日的对头，凑到了一起，郝正说不能让林荫他们正常工作，得制造点麻烦。
上报市委审批的聘任干部批下来了。秦志剑的职级提拔却没能通过。林荫和方政委感到意外，他们向陈副市长询问。陈告诉他们有人给市委寄了检举信，控告秦志剑有三方面的问题：1、对现实不满，攻击市委决策;2、个人英雄主义，独断专行。林荫和方政委摆出事实，逐一驳斥这些子虚乌有的指控。林荫要求复议。陈副市长提出既然实行了聘任制，又没人规定股级干部不能聘为大队长，可以变通一下。秦志剑虽未提级，但并不影响他当刑警大队长。林荫和方政委只好接受。
秦志剑得知内情，异常愤怒。林荫劝慰他：虽未提成副科级，但不影响当刑警大队长，要经得起考验。还叮嘱他今后说话注意点儿，别让人抓住把柄。秦志剑抑制内心的愤怒，向林荫保证决不会影响工作，而是会工作做得更好，以实际行动回击那些人的污蔑，看谁是合格的共产党员。
全局干警都为此事感到不平，但有两个人却很高兴，就是牛明和郝正，他们又聚在一起吃喝，为自己略施小计获得成功举杯庆贺。
秦志剑则将对诬告的愤慨转化为追查郑光军罪行的动力，在他的建议下，林荫成立了打黑除恶秘密调查组。林荫任组长，秦志剑和黄建强任副组长。他们将查清贺刚和郑华军的下落作为首要目标。
郑光军频频在清水的电视民屏幕和报纸上露面，或者给哪里损款，或者和领导们在一起，
大谈世纪工程的建设，风头出尽，志得意满。他没有想到，不管他去到哪里，都有警觉的目光盯住他。这天，郑光军去了一趟龙泉。黄建强跟踪而至，终于查到贺刚就隐藏在龙泉的龙城宾馆。林荫接报后，率秦志剑、高翔等人赶往龙泉与黄建强会合，在当地公安局的配合下直扑龙城宾馆。出乎他们意外的是，出现在宾馆里的是刀疤，却不见贺刚。
牛明风风火火闯到林荫办公室，态度狂妄地责问林荫为什么这么大的行动要避开他，是不是对他有怀疑，他要向上级反映。林荫反问他，为什么不信任他。他自己要好好想一下。牛明先是语塞，而后扬言走着瞧。
林荫彻底看透牛明，与方政委商量，此人不能再管刑侦工作，要调整牛明的职务。方政委同意，但说要向市委汇报，看能否调整出公安局;如果不行，就调整他的领导分工。林荫想先给陈副市长打招呼，求得他的支持。没想到陈副市长却因支持公安局工作和反对世纪工程，被明升暗降，调离清水。林荫和方政委都感到一阵悲凉：一个副市长说被整走就整走，一个公安局长又算什么?也明白了刚才牛明为什么那么狂妄了。
审讯刀疤有了结果，他承认参与了砍伤税务员的案子，是贺刚和郑华军召集他们去的。问他贺刚和郑华军的下落，他说他在龙泉只是偶然碰见贺刚，见面后就不知去向了，郑华军根本没见过。
使命分集介绍 第15集在送别陈副市长的聚会上，林荫从洪市长等人的言谈中了解到万书记在市委独断专行的内幕，以及与郑光军、陶素素的复杂关系。
万书记又来与陶素素幽会，陶素素强装欢颜，痛苦地应付万书记强烈的欲望。从万书记的话语中，陶素素觉察到他在整走陈副市长后，又打算整林荫，不由得想起自己一段不堪回首的经历。她恨郑光军这些人，却为林荫深深地担心……
牛明急匆匆来找郑光军，告诉他林荫要调整他的工作，以后事情会很不好办，要郑光军赶快找万书记阻止林荫。郑光军立即去与万书记商量对策。万书记似乎胸有成竹，他告诉郑光军，让牛明不要着急，他自有安排。
局党委会上，林荫宣布了调整后的三位副局长的分工，牛明改为分管常务。让人意外的是，牛明没有吵闹，还诚恳地说自己管刑侦几年，成绩一般，换换分工也有利于工作，他没有意见。牛明的反常举动，令林荫觉得奇怪，估计他会让万书记出面。然而，一天过去，没有任何人出面说这件事。自来清水后，林荫已习惯了阻力和困难，现在风平浪静，他反倒觉得不正常，不习惯了。林荫觉得其中有什么奥妙。
秦志剑和黄建强来向林荫汇报最近对全市黑恶势力调查的情况。各种迹象表明郑光军兄弟控制着一个分工明确，组织严密，并渗透到党政机关的黑社会组织，但现在缺乏证据，许多人不敢说话。“偏头”虽已被起诉至法院，但法院迟迟不做判决。许多证人到了法院又改了口，甚至有人说公安局有逼供嫌疑。秦志剑指出，一切的症节就在郑光军身上，他要不抓，群众就不敢站出来，而他是人大代表，上面还有保护伞，一下就把他抓起来，恐怕很难。林荫与秦志剑，黄建强商讨下一步的调查步骤。
苗雨就告诉林荫，听说市里要来考核牛明，说是要提拔。林荫不信，方政委却证实了这一消息，估计牛明可能要提拔去当政法委副书记，要真是这样，他恐怕会对公安局的工作处处作梗。方政委倒认为，牛明调出公安局是好事，不会直接影响局里的工作了。
牛明把自己要提拔的消息透露给郝正，郝正大献殷勤，出谋划策。郝正购买办公用品时虚开发票，以次充好。王晓珊将劣质纸张退给郝正，罗厚平询问原因，郝正却借机大吵大闹。林荫赶来劝阻，郝正说是罗厚平整人，然后扬长而去……王晓珊觉得郝正十分反常。
洪市长告诉林荫万书记是要提拔牛明当局政委，而将方政委调出。林荫心情变得十分恶劣，但他还是安慰方政委，方政委却担心林荫以后的工作会很难。而且，牛明的意图可能不仅仅是政委，他还盯着局长……
秦志剑得知这个消息，来找林荫，说他想不通。
牛明则显得非常谦虚，竟然关心起高翔的工作问题。郝正也喜笑颜开，到处跟人说牛明的好话。
市委考核组来了，林荫、方政委、秦志剑等如实而又策略地反映了牛明的问题……
使命分集介绍 第16集考核结束，对牛明的测评满意票，还不到半数，而且市委领导层看法也不一致。但林荫和方政委却乐观不起来，因为洪市长提醒他们如果上面有后台，考核也不起作用，要他们做好思想准备……
一天吃午饭时，，牛明借着酒劲还是露出了张狂的面目，当众向秦志剑挑衅。秦志剑气愤难平，告诉林荫必须采取措施，不能让牛明上去。林荫却认为这行不通，秦志剑无奈离去。
于海荣找方政委谈话，要他做好准备到政法委上任。牛明当政委似乎板上钉钉。林荫只得向谷局长反映情况，谷局长说牛明的事只是在考核，一切都还没有确定，要林荫沉住气。
电话亭里，有个人影在拨打电话。林荫接到电话。那人问幸福乡兴旺村的事管不管。林荫问什么事，对方说村里有地主恶霸，把村里的卖地的几百万元都贪污了，还诬陷别人。林荫说当然管，问有没有证据。那人冷笑一声，林荫要再问，对方说还会与他联系，就挂了电话。
林荫问罗厚平兴旺村是否有这么一个案子，罗说有，当初自己就是办案人之一。案情是村里的会计徐子民贪污，还放火烧毁了账本，打伤一人，在审查时逃跑了，被列入网上追逃的对象，有一年多了。
打电话的人正是徐子民，他回到家中，与妻子久别重逢，悲喜交集。妻子问他怎么敢回来，那薛怀礼和李大兴可一直在追查他的下落。他说清水来了个敢为好人说话的公安局长，自己要去自首，把真相说出来。
村治保主任李大兴兴冲冲地告诉村长薛怀礼徐子民回来了。薛怀礼脸上露出笑容，告诉李大兴该怎么办。
第二天，林荫刚走进公安局，便与薛怀礼、李大兴碰了面。那两人兴奋地说在逃的徐子民潜回家中，昨晚被抓住，送到公安局来了。林荫听了，立刻让秦志剑去审徐子民。
徐子民坚持要见到林荫才说。林荫赶到看守所，亲审徐子民。徐对林荫大叫冤枉，说自己
昨天还给林荫打过电话。林荫没想到他就是昨天打电话的人，便更加。徐子民哭诉自己没有贪污，没有放火，而薛怀礼才是腐败分子，李大兴是他的打手……于是林荫听到了一个真实的，不敢相信的故事……林荫反复盘问一些细节，推断徐子民没有撒谎。听完徐子民的叙述，林荫立刻找来罗厚平询问。罗极力为自己开脱，说他只是奉牛明之命办案，是赵铁军动手打徐子民，这更令林荫相信这是一个颠倒黑白，靠刑讯逼供搞出来的冤案，而冤案的制造者就是牛明。林荫决定认真调查，搞清真相，但他也估计到会有困难和阻力。林荫与方政委商量，方政委已经在做离任的准备。听林荫一说情况，眼里闪过一道亮光，两人商议稳妥的调查办法。
牛明闻讯来找林荫，以原来徐子民案是他带人查的为由，要求继续办这个案。林荫虚与应付，婉言拒绝。牛明恨恨地离去，林荫将调查任务交给了秦志剑，秦志剑立刻派黄建强和高翔去兴旺村。
薛怀礼让李大兴在村里应付公安局的人，自己则坐上一辆轿车离去。
于海荣召见林荫，责问调查兴旺村怎么不给他打招呼，因为兴旺村是先进典型，林荫尽量缓和地回答：先进典型不能成为理由。于海荣无言以对。林荫也由此感到事情的复杂性，决定采取一些预防措施，他给市委洪市长打电打汇报了情况。洪市长表示支持他调查，同时要林荫做好各方面的思想准备。
薛怀礼慌了神，跑到光华集团公司与郑光军和牛明商量对策，商议的结果是让万书记出面干预。
林荫问秦志剑调查的进展。秦告诉他，有村民说薛怀礼和郑光军兄弟关系非同一般……林荫听罢更加坚定地指示黄建强不受干扰，全力调查。
使命分集介绍 第17集正在北京开会的万书记，果然打电话给洪市长，责问公安局为什么要查这个案。洪市长将此情况告诉林荫，并要他尽快突破。
林荫调兵遣将，加强了在兴旺村的调查力量，村民纷纷开始举报，提供线索和证据。薛怀礼和李大兴的犯罪证据越来越多。林荫决定传唤薛、李，但他们却在郑光军安排下匆忙逃离。这一切都说明薛、李有重大犯罪嫌疑，而徐子民是无辜的。
徐子民一恢复自由就控告薛怀礼、李大兴，还告牛明、赵铁军刑讯逼供。调查开始后，虽然牛明、赵铁军不承认，但造成错案却是事实，所以尽管牛明将责任推到罗厚平和赵铁军身上，让罗受了处分，但他仍负有不可推卸的领导责任。万书记大为恼火，取消了对牛明的提拔。在这次较量中，林荫占了上风，但他也意识到，对方不会善罢甘休。
林荫到地区公安局汇报工作，谷局长提醒他要把困难想得多一点，又劝林荫抓紧把家搬到清水，不然秀云会有意见。谷局长还问了清水公安局的经费问题，甚至苗雨的情况。林荫一一做了说明。谷局长听后，嘱咐林荫大胆工作，无论遇到什么困难，都要坚定信念。林荫有了一种不祥的预感……
果然，刚回到清水，洪市长便找林荫和方政委谈话，告诉他们由地区政法委和纪检委组成的联合调查组将来清水，调查清水公安局的问题，也就是林荫的问题。何大来是调查组副组长。
林、方二人虽感突然，但他们表示一定认真接受调查，不会因此影响工作。
郑光军和牛明对调查组的到来欢欣鼓舞，在皇朝大酒店拉着陶素素举杯相庆。牛明又担心在这关键时刻，薛怀礼、李大兴再出麻烦。郑说不必担心，这两人已去了广州。
调查组的到来令全局干警心情沉重，气氛也变得压抑起来。秦志剑愤愤不平，来找林荫，说这工作没法干了。林荫告诫他不可这样消极，影响工作，并透露昨晚有一女人打来匿名电话，提供了重要线索——薛、李二人在广州，要求秦尽快查实……
郝正很兴奋，在一些办公室串来串去，想拉人们谈这个事，但大家都小心回避着这个问题。
地区调查组分别与局领导班子成员，和科室队负责人乃至一般干警谈话，就是没找林荫谈。方政委和靳树林告诉林荫他们与调查组谈话的主要内容：对市委说过不满的话，到省财政厅要钱，给高翔等编外人员发补助费等等。秦志剑也来了，说调查组也找他谈话了，内容与方政委谈的差不多，但秦志剑说调查组还问林荫作风问题，虽未明说，但听得出来，是指林荫与苗雨的关系不正常。林荫又惊又怒……
报社主编提醒苗雨调查组也会向她调查与林荫的关系，苗雨觉得十分可笑……
秀云接到一个说林荫出问题的匿名电话，她匆匆赶到清水，劝林荫离开清水。林荫觉得自己不应该再沉默了，他拿起电话，找何大来，要与调查组谈……
使命分集介绍 第18集在调查组驻的宾馆里，林荫与何大来激烈舌战，有理有据，逐一驳斥何大来对他的指控，澄清了事实，赢得调查组组长、地委纪检委毛主任的理解。
在公安局里，方政委、秦志剑等人牵挂着林荫，商量对策。方政委表示如果林荫被整走，自己也不干了。
苗雨直闯调查组，坦陈自己的看法，大出何大来的预料……
郑光军以为林荫这次肯定垮台，便召集手下在华光集团总部开会，指示手下抓住这一大好时间，加大力度，完成收入指标，还要催收世纪工程捐款。大秃子不服他的指令，认为难以完成，争执起来。郑光军起了杀心。
调查组返回白山，组长毛主任认为根据调查的事实，林荫的言行没有重大错误，有些所谓的问题都是捕风捉影，必须对林荫做出正确的评价。何大来理屈词穷，无可奈何……
大秃子不服郑光军，打算摆脱郑的控制，独立单干。郑光军却抢先一步，暗中召回郑华军，将大秃子杀死在荒郊野外。郑光军组织中的这一变动，很快被秦志剑、黄建强等人发觉，但又缺乏证据，林荫只能要求刑警大队加强监视，继续挖掘线索
摊派给个体司机的世纪工程捐款，迟迟收不上来，万书记十分恼火。郑光军约来交通局长蒋实全，密谋联手强制收款，从中牟取利益……
林荫突然接到电话，靳树林报告： 个体出租车司机驾车驶向市委和市政府大楼，将市委大楼团团围住。
根据初步调查，事件的起因是郑光军的手下在路上设卡收捐款，老杨父子交不出，又被打得头破血流。司机们终于忍不住，聚在一起商量对策，决定到市委反映情况。
林荫在局里部署好各项应急措施，为了不激化矛盾，他只派出便衣警力暗中控制现场，保护市委和市政府，然后他和方政委赶去市政府开紧急会议。
市政府会议室里，万书记召集会议，大发雷霆， 蒋实全将责任推到公安局，说抓几个人就行了。林荫和苏检察长驳斥了他的说法。林荫坚持认为司机们闹事是事出有因，不同意采取强硬措施，建议以对话的方式解决问题。他的意见引起万书记和于海荣的不满，但洪市长表示支持。会议最终采纳了林荫的意见，他也成为对话组的一员，负责与司机代表对话。
使命分集介绍 第19集谈判中，于海荣的狂妄自大激起司机代表的怒火，双方动起手来，林荫则以良好的政策素养和人格魅力平息了事端，使对话进入正常气氛，双方立场逐渐接近，又通过交通局工会主席王立民劝说司机代表，双方终于达成协议，司机们迅速离去，一切恢复平静。
万书记却对处理结果大为不满，批评公安局太软弱，并要林荫重用牛明，因为牛明很有经验。
地委调查组的结论令郑光军一帮人不知所措。躲藏在外地的郑华军，打电话催促郑光军尽快改变局面。郑光军将他训斥一通，然后分别找何大来和万书记商议对策。万书记一时也无可奈何，只是劝他耐心等待时机。何大来更是与他吵翻了。郑光军前思后想，自己驾车去了省城……
林荫和方政委也看到了地委的结论，感到些许安慰，但林荫明白对手是不会善罢甘休的，自己只有一条路——和他们斗到底，方政委表示要和他一起走这条路。
几天后，万书记召见林荫和方政委，通知他们省人大赵主任要光临清水搞调研，公安局必须确保领导安全，要严密控制那些下岗工人和生活困难的人，绝不能让他们靠近赵主任，林荫听了十分反感。
赵主任来了，清水市领导们还有郑光军热情迎接。郑光军喊赵主任为“赵叔”，两人的关系显得特别的亲昵。
市委召开大会，赵主任在讲话中大谈个体企业的重要性，还不点名地批评公安局是立场狭隘，打击迫害私营企业，他就是要为郑光军的光华集团撑腰。
方政委告诉林荫赵主任原先与郑光军的父亲一起在清水共事，私交很深，他是郑光军搬来的救兵。林荫突然有一种无力的感觉……
夜里，王立民闯入宾馆，他嚷着要见赵主任，反映问题，被民警拦住。王立民请林荫向赵主任转交一封信，他要说的话，都写在信里了。王立民走后，林荫将信交给了赵主任。
赵主任突然决定提前离开清水，市领导们赶来相送。赵主任脸色严峻，郑光军疑惑不解。
万书记把林荫叫到办公室，气急败坏地说王立民在那封信里把清水说得一团漆黑，把赵主任气坏了。万书记指责林荫为王立民转信是没有党性原则，威胁林荫：“咱们今后就走着瞧……”
让林荫没有想到的是，赵主任打来电话，肯定林荫做得对，那封信让他知道了很多郑光军的问题……
郑光军、牛明和万书记自然不甘失败，又在密谋整倒林荫……
秦志剑和黄建强终于查实了薛怀礼和李大兴在广州确有产业，他们又与林荫仔细分析本市
黑势力的活动现状。一致认为郑光军是黑恶势力的总头目，必须首先打掉他，突破口还是在抓获郑华军和贺刚。这两人长时间逃跑，没有露面，应该有一个较为安全的落脚点，而薛怀礼在广州有产业，他们可能在那儿藏身。秦志剑带领黄建强和高翔秘密登上南下的列车。
秦志剑、高翔、黄建强在广州侦察，他们死死盯住薛怀礼在广州开的饭店，但一连数天没有发现薛、李的踪影，高翔有些急躁……
使命分集介绍 第20集经过艰苦的蹲守，秦志剑等人终于发现了薛怀礼的踪迹，准备采取行动。
秦志剑等人进入饭店，抓住了薛怀礼、李大兴，正要将他们带走时，贺刚和郑华军郑华军突然冲出，举枪射击。就在郑华军扣动板机的一瞬间，黄建强冲到高翔身前，挡住了子弹。黄建强倒下，一瞬间，刑警们都愣住了，急忙抢救黄建强。郑华军和贺刚却趁乱冲出饭店逃走。薛怀礼和李大兴被捕。
林荫接到秦志剑打来的电话，秦志剑报告了黄建强牺牲的情况，林荫流下悲痛的泪水……
秦志剑赶回清水，来到光华集团，追问郑光军，要他说出郑华军去向。郑说不知道，还表示他要提供一笔资金给烈士遗属。秦志剑冲向郑光军被其他刑警死死抱住了。秦志剑对着郑光军怒吼：“我饶不了你!”
再审薛怀礼和李大兴，他们也不知郑华军的下落，但是承认了贪污和陷害徐子民的犯罪事实。徐案彻底了结。
黄建强的牺牲，对罗厚平产生了巨大的震动，唤醒了他的良知，意识到自己以前跟着牛明是走错了路。他找到林荫，讲述了自己心路历程，流下愧疚的泪水，表示自己要顶上来，完成黄建强没有完成的任务。他告诉林荫，他对郑光军和牛明等人接触比较多，比较熟悉他们的情况，在和他们的斗争中，自己可以起到一些作用。他和林荫一起商量了一个计策……
林荫放出消息，说自己不久就要调走，并做出一些准备离任的举动。林荫特意对郝正说，自己要走了，让他帮着找几个纸箱，好收拾东西。郝正表面上对林荫表示惋惜，背地里却到处传说。郑光军和牛明听了郝正的述说，也十分得意。郑光军感到他们的好日子又要回来了，指示手下准备将郑华军接回过年。
林荫对郝正说自己就要离开了，让郝正派车把秀云接来，陪他几天。郝正爽快地答应了。
林荫和秀云去灵幻寺，没曾想却遇到郑光军带着陶素素来做佛事。林荫与郑光军对峙，唇枪舌剑。
林荫召开党委会，安排春节期间的值班等事项。他对大家说，这一段的工作由方政委主持，希望自己平安地离开清水。大家听后，心里都不是滋味。下班以后，林荫倍感孤独，这时严德才、徐子民等人先后来看他，令他感到欣慰。高翔也来了，林荫庄重地表示，过了年，一定要让高翔穿上正式的警服……黄建强的妻子刘玫带着儿子也来看望林荫，送给林荫一件毛衣，表示对林荫的感激，她请求林荫不要离开清水。
快过春节了，方政委向林荫提议去给有关领导拜年送礼，林荫拒绝了，说自己宁可不当公安局局长，也不干这种事。方政委无奈，问林荫真地就甘心放弃。林荫说当然不甘心，并将自
己的思路告诉了方政委，方政委很受鼓舞，表示支持……
年夜前夕，洪市长打来电话，请林荫到他家吃饭。
林荫来到洪市长家，开门的竟是苗雨，林荫十分惊讶，正在纳闷，洪市长告诉他一个消息：老曾出事了，省地纪检委联合调查组去了宝山，听说他已经被“双规”了。林荫并不感到意外，他知道像老曾那样的人，早晚要出事。这时，苗雨来叫他们吃饭，林荫才知道洪市长是苗雨的舅舅。饭桌上，苗雨表示过完年自己就离开清水。林荫从洪市长和夫人的话语中，意识到苗雨对自己的情感。
在与洪市长的交谈中，洪市长告诉林荫即使要把他调走，他也要站好最后一班岗，而且鹿死谁手还说不定。洪市长拿出一封信交给林荫，这是苗雨写给省纪检委的检举信，揭发万书记排挤林荫，勾结黑恶势力，搞权钱交易等腐败问题。林荫看后，既对苗雨感激，也为她担心，不知会有什么后果。洪市长却向林荫透露，省纪检委领导专门找过他谈话，了解万书记的问题。洪市长还说，这信已经寄出，自己也没有退路。鼓励林荫不要觉得这个世界就是万书记他们的了，而是很多人都在支持林荫。林荫感到自己正在实施的计划在这场斗争中非常关键，他向洪市长谈了自己的策略，谈了为什么目前如此低调。洪市长听后信心倍增……
苗雨送林荫离开洪市长家，告别时，苗雨说有很多人在支持他，希望他不要离开清水……
已在狱中服刑的沈勇突然要见林荫，说有重要的话要讲出来。林荫和方政委连夜赶到监狱，询问沈勇。沈勇说他盗窃市委大楼那个案子，他隐瞒了许多事实：仅仅在万书记办公室光现金就拿到十万，还有好几个存折，加起来有300多万，还有好几个案子，都有这种情况，但是在审问时自己都少说了，是牛明让他这么做的;牛明还保证，少说一点判得轻，还会有人照顾他的母亲。沈勇也想自己少说一些，等于是保护了市委书记，他肯定会照顾自己。可是，他们居然说话不算数，说从轻判，还判了12年，等到他刑满出去，母亲早死了。自己不如说出实情，抓几个贪官垫背。林荫和方政委听得目瞪口呆，几乎难以相信。
林荫和方政委迅速赶到地区，向谷局长做了汇报，谷局长表示，这件事交给他，让林荫和方政委马上回清水，集中精力突破郑光军的问题，这是解决万书记和整个清水问题的关键。
除夕之夜，公安局举办迎春团拜会，林荫致辞，向干警们表示感谢，并与大家说再见，希望大家保重。
牛明告诉郑光军林荫过了除夕就走，现在可以让郑华军回来了。
林荫、靳树林、秦志剑率领刑警们秘密监视光华集团总部。
郑光军打电话给陶素素，说郑华军就要回来了，邀陶一块来团聚。
贺刚潜回光华集团，报告郑光军，说郑华军随后就到。
陶素素给林荫打匿名电话，告诉林荫，郑华军一回到清水。郑华军突然闯入陶素素住处，要强暴陶素素，陶素素奋力反抗，却被郑华军杀害……
郑华军驾车来到光华集团总部，却落入了林荫他们的伏击圈。一番格斗后，抓住了郑华军，驶向公安局。
公安局里，郑华军故伎重演，装疯卖傻。牛明找借口想接近郑华军。林荫当机立断，立刻将郑华军押往地区公安局。
郑光军决定派刚逃回来的贺刚带人在半路上拦截公安局的车队，并告诉贺刚如果救不出郑华军，就干掉他。
林荫等人押送郑华军的车队遭到贺刚等歹徒的拦截。一场激烈的枪战展开，高翔身负重伤，依然用自己的身体压住了贺刚。 郑华军跑向同伙，却被击伤，刑警们将他摁在地上……
林荫抱起高翔，高翔用最后一口气对林荫说：“林局，给我穿上警服……”
一轮红日升起，照耀大地，照耀烈士的英灵。 (全剧终)
